Indikatorn E. coli är ett vanligt och förhållandevis billigt mått på fekal förorening. Analyser av Cryptosporidium är mer kostsamma, varför man ibland skattar risken för Cryptosporidium utifrån E. coli-mätningar. För att undersöka om mängden E. coli eller koliforma bakterier kan förutsäga mängden av Cryptosporidium oocysts har prover insamlats från flera positioner i Kanada. Utgående vatten från två avloppsverk, avrinnande vatten från flera jordbruksområden samt åtta obehandlade avloppsvatten och intag av råvatten till 13 ytvattenverk. Analyser från egen provtagning kombinerades med värden från andra studier. Värdena befanns oftast gynnsamma (proportionellt lägre) för oocysts men för vatten från jordbruksmark eller med avlägsen fekal förorening kunde mängden Cryptosporidium oocysts underskattas utifrån E. coli-analyser.
Fekala indikatorer används ofta för att bedöma risken för förekomst av Cryptosporidium i vatten, då analyserna av denna protozo är kostsamma. I USA har E. coli-data i flera situationer accepterats som indikator för Cryptosporidium. Flera studier har sökt kopplingar till halten av Cryptosporidium oocysts; bland annat har turbiditet, fekala indikatorer och regnhändelser visat korrelation i olika akvatiska miljöer.
