I över ett sekel har fekala indikatorbakterier som E. coli och enterokocker använts i den dagliga analysverksamheten för att påvisa exempelvis avloppskontaminerat vatten. En fekal indikatorbakterie är en helt normal tarmbakterie som indikerar att andra sjukdomsframkallande bakterier kan finnas närvarande.
Även om framstegen inom vattenförsörjning och avloppshantering har haft stor positiv effekt på folkhälsan menar man idag att sjukdomsframkallande virus är den vanligaste orsaken till vattenburna utbrott. Eftersom bakterier svarar annorlunda än virus på olika vattenbehandlingsprocesser och beter sig annorlunda i olika nedbrytningsprocesser i miljön, är de mindre lämpliga indikatorer för detektion av fekala virus i kontaminerat vatten. Idag har många EU-medlemsstater i sina nationella regelverk för dricksvatten valt att fokusera mer på att analysera parasiter och virus i dricksvatten, då man anser att de vanliga fekala indikatorerna är otillräckliga för att garantera mikrobiologisk säkerhet av dricksvatten.
